RNN¶
分子表示¶
将现实问题在计算机域进行表示是使用计算机解决问题的第一步。
文本化表示¶
SMILES¶
Simplified Molecular Input Line Entry Specification，即简化分析线性输入规范以 ASCII 编码字符串
SMARTS¶
SMARTS（SMiles ARbitrary Target Specification）是一种用于描述分子模式和属性的语言。SMILES 所有的符号和属性在 SMARTS 中同样适用，因此它也是 SMILES 的延伸。此外，SMARTS 还包括了逻辑操作符和额外的分子描述符
Wiswesser Line Notation（WLN）¶
InChl¶
InChl（International Chemical Identifier），
向量化表示¶
ECFP¶
The ECFP is a fingerprint which is a bit vector made by chemical structure information and we can use it as the input for various models.
GraphConv¶
数据库¶
ChEMBL¶
ChEMBL is a manually curated database of bioactive molecules with drug-like properties. It brings together chemical, bioactivity and genomic data to aid the translation of genomic data to aid the translation of genomic information into effective new drugs.
World Protein Data Bank¶
方法¶
同源建模法¶
工具软件¶
pysmiles¶
DeepChem¶
DeepChem 是一个用于 Python 的专用于化学的深度学习库
PyMol¶
PyMol是一个分子三维结构显示软件